OVH impose une limite de 5000 fichiers par dossiers.
Si vous dépassez ce nombre, les fichiers seront toujours accessibles depuis le net mais en ouvrant votre logiciel FTP vous ne verrez plus les fichiers après 5000.

Si vous êtes en offre Perso, vous n'avez pas le choix, vous devez modifier votre site afin de ne jamais dépasser cette limite.

A partir de l'offre Pro, pour afficher l'intégralité de vos fichiers dans votre logiciel FTP, vous devrez vous connecter en SFTP - SSH File Transfer Protocol et la vous constaterez que la limite a disparue.