Let's Encrypt avertit que les téléphones fonctionnant avec des versions d'Android antérieures à 7.1.1 Nougat ne feront pas confiance à son certificat racine à partir de 2021. Cela les empêchera de visiter de nombreux sites web sécurisés. L'organisation arrêtera la signature croisée par défaut pour le certificat qui permet cette fonctionnalité le 11 janvier 2021. De plus, elle abandonnera complètement le partenariat de signature croisée le 1er septembre de la même année.

Lorsque le groupe a été fondé, il a demandé son propre certificat racine « ISRG Root X1 », afin que tous les navigateurs et systèmes d'exploitation puissent l'utiliser. Cependant, jusqu'à présent, tous les certificats s'appuyaient également le certificat racine « DST Root X3 » d'IdenTrust. Celui-ci est utilisé depuis de nombreuses années sur Windows, macOS, Android et la plupart des autres plates-formes logicielles.