Ouvrir VLC.

Cliquer sur le menu Média puis sur Médias récents.

Votre historique de lecture est affiché. Cliquer sur Effacer pour le vider.

L'historique ne comporte alors plus d'entrées.

Cliquer sur le menu Outils puis sur Préférences.

Dans la rubrique Vie privée / Interaction réseau du premier onglet Interface, décocher la case Enregistrer les derniers médias joués dans le menu et pour terminer, cliquer sur le bouton Enregistrer.

VLC ne gardera plus l'historique des fichiers que vous ouvrirez à l'avenir.