Vaccination d'un patient à Epsom, dans le sud de l'Angleterre, le 16 décembre.

L'annonce, par le ministre britannique de la santé, de l'abondance d'un variant dans le sud de l'Angleterre relance les spéculations sur la possible apparition de souches plus virulentes et réfractaires à la vaccination.

S.D614G, S.N501Y, S.N439K, S.H69/V70, S.S477N... Ces codes étranges sont surveillés comme le lait sur le feu par les virologues. Ils désignent en effet des parties d'une protéine-clé du virus responsable du Covid-19, la spicule, qui donne cette forme hérissée au SARS-CoV-2 et grâce à laquelle il s'accroche aux cellules humaines avant de les infecter.

C'est aussi la molécule sur laquelle repose l'action des vaccins qui « l'imitent » pour stimuler la production d'anticorps. Alors, tout changement dans cette protéine pourrait modifier le comportement du virus vers une infectiosité ou une virulence plus grande. Ou encore amoindrir l'efficacité des vaccins.

Preuve du caractère sensible de la question, lundi 14 décembre, une déclaration du ministre britannique de la santé, Matt Hancock, a inquiété : une nouvelle lignée virale aurait été détectée avec une plus grande fréquence dans le pays. Aussitôt, le consortium COG-UK (Covid Genomics Consortium), qui séquence à tour de bras des génomes du virus, a « ouvert une enquête » sur cette souche mystérieuse. Elle comporte plus d'une douzaine de mutations, dont au moins deux sur la fameuse spicule.

Depuis un an, le virus a peu bougé.

L'une de ces mutations est un changement du 501e acide aminé sur les 1 273 constituant la protéine, dans la zone qui sert à l'accrochage sur les cellules. Dans la base de données Gisaid, qui collecte les génomes mondiaux afin de les rendre disponibles aux chercheurs, il y en a déjà plus de 2 000 qui présentent cette variante (sur 267 600 séquences recensées).

L'autre mutation est l'absence des 69e et 70e acides aminés. Ceux-ci n'interviennent pas dans la liaison, mais ce changement est susceptible de modifier la forme dans l'espace de la protéine et, ainsi, d'induire potentiellement de nouveaux effets. Au total, 4 916 séquences similaires sont déjà présentes dans Gisaid.

Seulement une trentaine de « lettres » de la séquence génomique, sur 30 000, et 15 acides aminés, séparent les actuels virus en circulation des premiers.

Ces mutations ne sont pas nouvelles. Les délétions (pertes de matériel génétique) aux positions 69 et 70, par exemple, ont été vues dès février en Allemagne et en Thaïlande.

Mais, en Angleterre, 350 séquences présentant ces deux types de mutations simultanément ont été récemment comptabilisées. « Il faut se méfier des constats d'augmentation du nombre de ces séquences car l'Angleterre ou le Danemark, qui en ont recensé beaucoup, sont aussi des pays qui séquencent le plus », souligne François Balloux, de l'University College de Londres.

Avec ses collègues, cet été, il a aussi calculé que, dans les 40 000 séquences analysées, aucune mutation recensée n'était le signe d'une augmentation de la transmission. « Le hasard peut expliquer l'apparente augmentation locale de certaines mutations, par exemple à la suite d'un événement de superpropagation », précise le chercheur.